Alle Ubuntu repositories, zowel de officiële als die van derden, worden uitsluitend in het van Debian bekende APT formaat aangeboden. Ook een lokale directory met DEB's kan gemakkelijk met dpkg-scanpackages voor APT geschikt worden gemaakt.

Als beheerssystemen voor APT staan ter beschikking:

• APT, de "Advanced Package Tool". APT is het standaard beheerssysteem voor Debian en alle er van afgeleide distributies. Het een verzameling van command line tools, waarvan apt-get voor installatie en deïnstallatie van software de belangrijkste is. Als TUI is aptitude beschikbaar. Voor het bekijken en installeren van losse pakketten is de grafische applicatie gdebi beschikbaar.

  Ubuntu biedt twee grafische interfaces: gnome-app-install (Software toevoegen/verwijderen) als standaard en synaptic voor gevorderd gebruik. Om de gebruiker op nieuwe software updates te wijzen beschikt Ubuntu over de update-notifier. De update-manager werkt het systeem bij.

  Kubuntu doet dit allemaal met met de KDE applicatie adept, een verzameling van losse programma's met verschillende grafische interfaces. De standaard interface is adept_installer (Programma's toevoegen/verwijderen), terwijl adept_manager beschikbaar is voor gevorderd gebruik. Adept_notifier wijst de gebruiker op nieuwe updates, en adept_updater werkt het systeem bij. Daarnaast is er nog het hulpprogramma adept_batch.

  Indien gewenst kunnen de Ubuntu interfaces worden gebruikt in Kubuntu en omgekeerd. In het eerste geval zullen enkele libraries voor KDE moeten worden geïnstalleerd, en in het tweede geval een aantal libraries voor Gnome.

  Al deze pakketten zijn beschikbaar via de Main sectie van de officiele Ubuntu repository.

  Kpackage is net als Adept een grafische KDE interface voor de RPM, Debian, Slackware en BSD package managers. Kpackage ondersteunt APT en neemt de lijst van repositories automatisch over van APT. Het is dan ook een alternatief voor zowel Adept als Synaptic, zij het dat voor gebruik in Ubuntu wel KDE libraries moeten worden geïnstalleerd.
  
  Kpackage wordt niet officiëel door Ubuntu ondersteund. Het pakket is beschikbaar in de Universe sectie van de Ubuntu repository.

• Smart Package Manager, met een command line tool (smart) en een GUI (smart-gui). Smart is zeer veelzijdig en ondersteunt een groot aantal repositories, niet alleen voor DEB, maar ook voor RPM en Slackware. 

  Smart wordt niet officieel door Ubuntu ondersteund. De pakketten zijn beschikbaar via de Universe sectie van de Ubuntu repository.